1991年6月26日清晨，由塞族控制的南联邦人民军和民兵武装开入斯洛文尼亚境内，揭开了南斯拉夫内战的序幕。8月25日，战火蔓延到克罗地亚境内。1992年3月，新独立的波黑也陷入了惨烈的内战漩涡。除去马其顿因塞族人口较少（仅占总人口的1.8%）逃过一劫外，在塞尔维亚以外的各加盟共和国领土上均爆发了旷日持久的武装冲突，一直持续到1995年《波黑和平框架协议》（代顿协议）达成，丧生人数超过140万人。
内战的惨烈情形，尤其是塞族武装在克罗地亚和波黑境内针对历史文化古迹、战俘甚至平民的蓄意攻击，被在场的联合国维和人员以及新闻记者忠实地记录下来，在全世界范围内引发了轩然大波。1995年秋，“北约”率先对波黑境内的塞族武装控制区发动了空中打击，迫使其接受和平谈判。此后塞尔维亚当局的一举一动都成为西方国家关注的焦点，被彻底取消自治权、政治领袖遭遇逮捕的科索沃阿族人的命运尤其为他们所重视。
与此同时，米洛舍维奇则在按照他的个人设想，继续建造“大塞尔维亚”的巴别塔。1992年4月27日，塞尔维亚和黑山两个共和国宣布结成南斯拉夫联盟共和国（以下简称南联盟），正式取代了已丧失法律效力的南联邦。根据新颁布的南联盟宪法，科索沃省被取消了大部分自治权，名称也改回南斯拉夫王国时代的旧名科索沃-梅托西亚（Kosovo-Metohija）。由于政治谈判的要求在贝尔格莱德遭到冷遇，1992年，一批强硬的阿尔巴尼亚族独立分子组建了反政府武装“科索沃解放军”（KLA），开始袭击省内的塞尔维亚警察局和军事目标，并获得了邻国阿尔巴尼亚的支援。与此同时，在科索沃省共盟机关被米洛舍维奇取缔之后，温和派作家易卜拉欣·鲁戈瓦（Ibrahim Rugova）组建了“科索沃民主联盟”（LDK），成为全省最大的政党。整整70万人——差不多是科索沃全部的阿族成年人口——都参加了这个政党。
1991年9月22日，已经被塞尔维亚当局解散的科索沃省议会代表举行了一次秘密会议，自行宣布科索沃升格为南联邦之内的自治共和国。几天后，当地阿族公民举行公决，通过了这一决议。1992年，科索沃阿族举行了未经塞尔维亚批准的全民选举，鲁戈瓦被选为总统。他反对“科索沃解放军”的暴力游击战政策，主张采用甘地式的、温和的非暴力不合作方式，不纳税、不交粮、不当兵，迫使塞尔维亚当局承认阿族的自治权利。
米洛舍维奇则在继续收紧对科索沃的统治。阿尔巴尼亚语不再被列为和塞尔维亚语并列的官方语言，当地唯一一家仍在发行的阿语报纸被查封，电视和广播全部不得使用阿尔巴尼亚语，还禁止悬挂山鹰旗。普里什蒂纳大学的2.3万名学生中有2.25万名被开除，800名教师和教授被全部开除，大学遭到查封。阿族警察全部被解雇，代之以4万名塞尔维亚族警察和准军事部队。塞尔维亚企业和公司也开始要求他们的阿族雇员签署效忠塞尔维亚共和国的书面誓词，凡是拒绝这么做的阿族员工都将被立即解雇，没有任何补偿。到1995年，科索沃阿族的失业率竟高达80%！
1995年，随着《代顿和平协议》的签署，许多塞族难民从波斯尼亚境内逃到南联盟，塞尔维亚将他们安置在科索沃境内。更多的阿尔巴尼亚人被塞族雇主解雇，以便将其工作转交给塞族难民。贝尔格莱德当局残酷的民族歧视和压迫政策，以及随之而来的高失业率和贫困现象，使得对塞尔维亚的仇恨情绪笼罩在整个科索沃上空，不少人认为只有武力斗争才是改变现状的唯一出路。1996年4月22日，在科索沃各地同时发生了对塞尔维亚军警的袭击，袭击者正是科索沃解放军成员。