在1999年这场历时78天的“联合力量”空袭战中，“北约”各国共出动各型飞机1031架、3万多架次，投下2.3万枚导弹和炸弹，打击了南联盟境内的40多座城市、496个军事和民用目标以及520个战术目标。南联盟全国70%的桥梁、100%的炼油能力和50%的动力系统、5座机场、12条铁路干线、5条公路干线以及大批工厂被摧毁，直接经济损失超过2000亿美元，整体经济水平倒退了30年以上。6月3日，在俄罗斯和芬兰的斡旋下，塞尔维亚议会决定接受和平协议，并于一周后开始实施。
战争结束后，海牙前南战犯国际法庭对1998年春天以来新的种族屠杀和清洗状况进行了调查，证实了到1999年6月为止，科索沃90%的居民已被迫背井离乡，其中约70万人逃往阿尔巴尼亚、马其顿和黑山，27.5万人逃往美国和西欧，另有55万人散落在本省山区。在“北约”空袭最密集的时刻，塞尔维亚军队依然有序地摧毁了科索沃中部和北部的500多座阿族村庄，对墓地的发掘则找到了2108具被处决的平民遗体。针对这一情况，联合国安理会在1999年6月10日举行表决，以14票赞成、1票弃权的结果通过了1244号决议，将科索沃的管理权交托给“联合国科索沃行政当局临时特派团”（UNMIK），以协助当地居民建立自治政府。此后逃离家园的阿族难民纷纷返回科索沃，而塞族人则集中迁回塞尔维亚本土。
1999年5月，南联盟总统米洛舍维奇被联合国前南战犯法庭起诉，罪名包括违反战争惯例和《日内瓦公约》。一年半以后又增加了在克罗地亚独立战争和波黑战争中违反《日内瓦公约》，以及在波黑共和国进行种族灭绝的罪名，前后共有66项，起诉书长达900多页。2001年4月1日，这位曾经的风云人物在贝尔格莱德被捕，随后移交给海牙，成为历史上第一个被送上战犯法庭的前国家元首。2006年3月11日，他因为高血压和心脏病死于狱中，最终也没有做出认罪的姿态。同年5月21日，黑山共和国举行全民公决，有55.5%的投票者赞成独立。6月3日，该国议会通过独立宣言，成为世界上第192个独立国家。而“南斯拉夫”这个名称在经历了王国、联邦和联盟的复杂演变之后，终于从世界舞台上消失，恢复到了1878年最初独立时的国名——塞尔维亚。
时间又过去了两年。2008年2月17日，科索沃议会正式投票通过了脱离塞尔维亚的决议，宣布成立独立的科索沃共和国，以普里什蒂纳为首都，迄今为止已经获得108个国家的承认。2010年7月22日，联合国国际法院裁定科索沃单方面宣布脱离塞尔维亚并未违反国际法。2013年4月19日，塞尔维亚当局也期期艾艾地承认普里什蒂纳当局对科索沃北部的塞族人聚居区有管辖权，并承诺将推动双边关系的正常化。
站在国际法角度看，科索沃的独立是一个前无古人的事件：它不像克罗地亚或斯洛文尼亚那样具有脱离南联邦的当然权利，而是长期被视作塞尔维亚的固有领土;科索沃的阿尔巴尼亚族领袖在此前近半个世纪里也从未寻求脱离联邦框架的彻底独立。然而塞尔维亚民族主义者的极端之举改变了一切：“北约”以“人道主义危机”为缘由介入了科索沃冲突，并最终扶植其独立，打破了1648年《威斯特伐利亚和约》以来的一切成例。
然而亦有法学家认为，1945年纽伦堡大审判奠定的一系列新原则，已经使国家领导人无法以“主权至上”为依据，回避其应负的国际法责任;“冷战”时期国际社会对南非种族主义政权以及乌干达阿明政权的制裁和干预，已经为人道主义干预的模式开启了先例。1999年对南联盟的空中打击，只是提升了这种干预的强度。如时任德国外长菲舍尔所言：“我反对德国军队参与任何国际行动。我曾经坚决反对越南战争，我也上街游行反对美国。我没有变，我仍然反对战争;但是我也反对、而且倾我一生竭力反对比战争更坏的罪行——奥斯维辛集中营……这（指科索沃冲突）当然还不是奥斯维辛，但奥斯维辛可能由此开始。我们德国人应该知道什么是‘最恶’。为了制止这个‘最恶’，为了使奥斯维辛不再重演，尽管我反北约、反美、反战，但我主张干预，主张进行有限战争，主张德国军队参与国际行动。”
事实上，与日后的阿富汗战争以及第二次伊拉克战争相比，“北约”武力介入科索沃可以说甚少经济和地理政治收益。而在舆论方面，对这场战争褒奖最多的反而是传统上反对战争的知识分子、左翼学者和激进自由主义者。而在巴尔干这个传统上的“欧洲火药桶”，此次干预并未陷入层出不穷的抵抗和争议，又足以证明时代毕竟在前进，珍视公民权利和自由的观念正在潜移默化中滋长。
只是对科索沃这个曾经的百战之地来说，在废墟之上建设一个新国家并最终融入欧洲大家庭仍需经历痛苦的转型。《稳定与结盟协定》迈出了重要的一步，更大的考验尚在前方。