“水木秀场”的灵感最初来自一个喜欢昆虫的学生。他在家养了几百种昆虫，经常从外面找虫卵拿回家孵化，搞得满阳台都飞着蛾子，还跟着父母去旅行，把研究的足迹延伸到美国、新加坡、印尼和厄瓜多尔，回来制作了很多标本。二年级时，他就在老师的鼓励下将自己写的昆虫日记和昆虫绘画编辑成书，学校为了展示他的研究成果，从此就有了“水木秀场”这个舞台。
惠特曼曾在诗中写道：“一个孩子，向最初的地方走去，那最初的，便成了孩子生命的一部分。”让孩子按照最初的人生意愿来完善人格，是清华附小希望学生呈现出的状态。今年8月，窦桂梅去芬兰参加第十二届国际校长会议，她在演讲中介绍了包括爱昆虫的孩子在内的几个小故事，展示了清华附小鼓励学生自由发展的教育理念。一起去参加会议的老师林长山告诉本刊，演讲一结束，窦桂梅就被很多国家的校长围住了。“他们都没想到，中国也有这样的学校，清华附小的教学思路和西方国家倡导的个性化教学非常相似。当时BBC一部关于中国老师在英国中学授课的纪录片正在播出，很多人对中国教育的理解就是以老师作为主导，清华附小所展示的完全是相反的教学理念。”
站在儿童的立场上看问题，思路的转变早已在清华附小老师头脑中启动。王玲湘记得有次去一年级听课，老师在讲《乌鸦喝水》。一上课，小朋友们都先纷纷举起手来，一个小朋友问：“为什么是乌鸦，怎么不是麻雀和天鹅呢？”王玲湘说：“如果站在成人的视角来看，问为什么是乌鸦喝水，就是明知故问，但儿童的世界是不同的，他们从‘真’出发，我们在小的时候肯定也有类似的疑问，但长大了，大多数人都把这些真问题忘了。”好在台上的老师并没有放过这个问题，他让学生们讨论一下，为什么喝水的不是别的鸟，小朋友们七嘴八舌地说，因为乌鸦聪明，因为乌鸦长得黑，黑色吸光，所以容易渴，最后大家得出新的结论，如果是仙鹤，嘴巴又细又长，没有小石子也能喝到水，如果是小麻雀，嘴巴太小，衔了石子也喝不到。
这节课给王玲湘留下了很深的印象，引发她更深入地去思考。“老师放手让学生发挥想象力是明智的，但离开老师的引导和提升是事倍功半的。学生说因为乌鸦很聪明，引来了同学们的笑声，因为乌鸦在中国文化里是不祥之鸟，孩子们的反应可以理解。但《乌鸦喝水》选自于《伊索寓言》，在古希腊，乌鸦是能够预言的智慧象征，在《伊索寓言》里，乌鸦担当了祭祀或先知的角色。学生的提问涉及一个传统课堂长期忽视的文化知识点。”
为了能让老师更多关注每一个学生的发展，清华附小实行了双班主任制。两个老师分别主要负责语文和数学、科学，但职责也并不是泾渭分明。班主任的办公桌就在教室里，语文和数学、科学课上，两个班主任同时在场，其中一人是另一人的助教，同时也能全面地观察学生。“以前数学老师只知道这个孩子数学成绩不好，但现在她可能会发现，原来这个孩子在语言表达能力和阅读能力上非常有领悟力。”窦桂梅这样解释双班主任制的优势，“两个老师和一个班一起待6年，他们会有充足的时间去了解每一个学生。”
清华附小的课表里每周有一节戏剧课，是该校的特色，由两个班主任一起负责，这堂课被看作综合性最强的一门课。林长山在这门课上做过很多研究，他告诉本刊，除了能学到戏剧知识、进行戏剧体验外，戏剧课可以给每个孩子施展的空间，就像是一堂“个体定制”课。有个班里有个非常腼腆倔强的小男孩，平时当众发言都常常会吓哭，更别提让他上台演出了。后来经过老师和家长的百般劝说，他同意演一块一动不动的大石头，身上还要套一只空调箱子，把自己藏起来。一次两次上台，这个小朋友都吓哭了，练习了若干次后，终于渐渐好转起来。老师给他加了一句台词，让他躲在箱子里说，最开始声音极小，后来逐渐放开了，还敢跟着大伙儿一块谢幕。再后来，他居然在课堂上主动举手回答问题了。这是老师们几个月一对一心理辅导都没有达到的效果。