这项新研究在相关领域的学者中引起了不小的争论。麻省理工学院的进化发育生物学家 Mansi Srivastava说，在2008年的一项研究中，有学者第一次提出了栉水母可能是所有动物类群的祖先。“当时给学术圈带来了不小的震动，”她说，“但许多人并不相信这一结果。”问题的关键所在，是演化速度较快的基因组——如栉水母的基因组——有时候会使确定动物演化关系的计算机程序“感到困惑”，得出不准确的结果。有些类群可能因此与其他并不具有必然联系的动物混在一起。
“一些人认为，2008年的那篇论文就是这样的结果，” Mansi Srivastava说，“通过更多的分析，我们可以回答这一问题。”这也就是近日这篇《科学》杂志文章所阐述的：研究者们通过对栉水母基因组的完整测序，提供了更多数据，使其他科学家也可以对“什么动物最先出现”的问题进行再次解答。不过，Mansi Srivastava和其他一些科学家对栉水母是所有动物的祖先这一结论依然持怀疑的态度。
法国国家科学研究中心的研究者Hervé Philippe说，研究中涉及的问题之一与时间有关。“你必须检视那些在6亿年前就已经出现的生物。” Hervé Philippe说道。他并没有参与这项研究。Hervé Philippe继续解释道，在数亿年的时间里，生物的基因组会出现无数的突变。因此，将一个古老类群的较早期突变与新近发生的基因变化分隔开，就显得有些不大合理。
Andy Baxevanis及其同事使用的一些分析方法，并不能解决现生动物类群之间的关系问题。Hervé Philippe说：“如果你不能认识新近发生的事件，那古代的事件就更不可能认识清楚了。”研究者意识到，他们获得的动物谱系树确实存在引起争议的地方，有些人还是将海绵视为动物的祖先类群。
不过，Andy Baxevanis对研究的结果感到十分兴奋，他说：“我们成为了麻烦的制造者。”在研究一开始的时候，他们并没有预计会获得这样的结果。“我想这是一个很好的例子，当你开始进行科研的时候，你并不知道科学最终会将你带到何处。” Andy Baxevanis说道。