来到敦煌的还有东来传教的西域僧侣和西行求法的中国僧侣。佛教传入中国的路线有陆、海两条，但早期应以陆路为主，这样的路线也就经由敦煌。在悬泉置曾出土了这样一支汉简，它的释文是：“少酒薄乐，弟子谭堂再拜请。会月廿三日，小浮屠里七门西入。”它相当于一张邀请函，“弟子谭堂”邀请对方到“小浮屠里”这个地方来做客。值得注意的是“小浮屠里”这个地名。“浮屠”有佛、佛塔的含义，这说明在早在东汉时佛教就对敦煌地区产生了一定的影响。
在莫高窟第323窟发现的唐代李克让修复莫高窟佛龛时写下的《重修莫高窟佛龛碑》记述了莫高窟始建的缘由：“（前）秦建元二年（366），有沙门乐僔”，“尝杖锡林野，行止此（三危）山，忽见金光，状有千佛”。乐僔和尚被这种奇异的景色感动了，认为这是圣地，所以就募人在莫高窟“造窟一龛”。这样的景象我在1995年时曾经亲眼见过。那次刚下过大雨的傍晚，因为担心发洪水，我指挥保卫处的人去抗沙包。在低头说话时，我眼睛的余光中忽然觉得前方有金灿灿的光，抬头一看，正是空中出现的金光，金光下的三危山看上去都发暗了。同事赶回去拿相机的工夫，金光就便消失不见，空中接着出现了“双虹”。这些奇特的折射现象在佛教信徒眼中必定充满了神圣的宗教色彩。
从366年开始，开凿石窟的工程一直持续了1000多年。直到明朝朱元璋修筑了嘉峪关长城和肃州城，之后敦煌被关到了嘉峪关之外，大部分的开窟人员和当地居民搬进了关内，敦煌才开始陷入沉寂和无人管理的状态。1000多年的修建造就了辉煌灿烂的敦煌洞窟艺术。经过统计，莫高窟共有735个洞窟，4.5万平方米壁画，2000多身彩塑。它位于距离今天敦煌市区25公里的鸣沙山东麓断崖上，面朝东，南北长1680米，高50米。洞窟分布高低错落、鳞次栉比，上下最多有5层。
为什么莫高窟有如此高的研究价值？其中之一的原因就是世界没有一个地方，保存有10个世纪都不间断的美术作品。上世纪40年代，张大千来到敦煌临摹壁画，1944年在成都临摹展的序言中，他写道：“大千流连画选，倾慕古人，自宋元以来真迹，其播于人间者，尝窥见其什九矣。欲求所谓六朝隋唐之作，世且笑为诞妄。独石室画壁，简籍所不在，往哲所未闻，千堵丹青，遁光莫曜，灵踪既閟，颓波愈腾，盛衰之理，吁乎极矣！”这就是说，世间流传的画作，宋元时代较多，张大千自认为基本都看遍了。隋唐以前的绘画其他地方都找不到，张大千发现它唯独保留在敦煌石窟中。佛教由丝绸之路经由敦煌传入中原，中原的画风反过来又会影响敦煌。汉唐时代，长安那样的地方是政治、经济和文化中心，也是佛教传播的中心。可以想象，南北画家云集在那里，在寺庙的墙壁上创作了高超的绘画。可是经过了朝代更迭与战乱，城市中的寺庙被废弃了，精美的壁画都不存世。如今要看反而就要到一个“荒凉”的地方，那就是敦煌。
另外一个原因就是莫高窟藏经洞中保存的一批珍贵文物。藏经洞是莫高窟16窟甬道北壁的一间密室，当年王道士在清理积沙时无意中发现了它，里面保存有4世纪至11世纪的佛教经卷、社会文书、刺绣、绢画、法器等文物5万余件。此后藏经洞经过外国探险家和盗宝者的洗掠，不少文物都藏于海外。英国和法国已经将这批文物数字化后公开，我们做研究时还是能够利用。这些文物被誉为是“中古时代的百科全书”和“古代学术海洋”。这里面约90%的文物都是佛教文献。不少藏外佚经（即《大藏经》中未收佛经），不仅可补宋代以来各版大藏经的不足，还为佛教经典和佛教史的研究打开了新的门径。敦煌佛经中还有不少被认为是中国人假托佛说而撰述的经典，即所谓“伪经”。这些疑伪经反映了中国佛教的特点，是研究中国佛教史的宝贵资料。敦煌文献中的梵文、古藏文、回鹘文、于阗文、吐火罗文及与汉文对照的佛经，对摸清汉译佛经的来源以及考证佛经原文意义作用很大。除了佛教经卷外，敦煌文献中还保存了有关摩尼教、景教文献，为我们了解古代中西文化交流提供了重要历史证据。
1987年，敦煌莫高窟申请世界文化遗产。遴选标准一共六条，只要符合其中一条，便可以入选遗产，而莫高窟是六条标准全部满足。据我所知，世界上六条标准都符合的文化遗产只有三处，一处是威尼斯，一处是泰山，还有一处便是莫高窟。
中外交流成就敦煌文化
由于所处的特殊地理位置，敦煌成为接触西方不同文明的前沿之地。但需要强调的是，从公元前111年设郡，到366年开凿莫高窟，这477年的岁月，也让汉文化在这里深深扎根。开发敦煌和河西的过程中首先实行的是大规模的移民和屯垦，这就使得汉族成为敦煌居民的主体民族，内地带来的农耕技术投入使用，取代了游牧为主的社会生活。敦煌逐渐出现了一批名门大族，推广和传播儒学经典。佛教和佛教艺术是外来的，但是在汉文化的土壤里发芽开花。在外来文化的接受上，敦煌是带有选择性的。在龟兹的克孜尔壁画中，可以看到印度式“丰乳、细腰、大臀”、“遍体圆净光”的裸体舞女和菩萨形象，但这些一来到敦煌便销声匿迹，代之以“非男非女”的菩萨、伎乐和飞天的形象。这不仅适应了儒家伦理道德和审美风尚，又没有违背佛教“菩萨无性”的思想，是外来佛教中国化的体现。
敦煌莫高窟中仍然能看到印度佛教的不少影子。320年到600年是印度美术史中的笈多王朝时代，相较于之前贵霜王朝的犍陀罗和马图拉风格的造像艺术，它要更加本地化——佛教本身并没有偶像崇拜，当它在印度发扬壮大之时便借鉴了希腊的造像风格。公元前334年到公元前324年，马其顿国王亚历山大东征，也将希腊文化带到所到之处。笈多艺术则更加遵循印度民族的古典主义审美，创作出纯印度风格的笈多式佛像。这种佛像的特点之一就是佛像身穿通肩式薄衣，衣纹是一道道平行的U字形细线，具有流水般波动的韵律感。薄衣紧贴身体，像被水浸湿了一样半透明，隐约凸现出全身的轮廓。这种“湿衣效果”在莫高窟的早期造像中可以见到。另外，我们的石窟形制也受到了印度石窟的影响。中心柱窟的形式是对印度式支提窟的改造，即把中心的圆形佛塔改成方形塔柱，同时洞窟顶部的前沿部分改成了人字披顶，因为人字披是中国木结构房屋最具特色的形式。