秦始皇非常迷信，有一次他因风水受阻而不能渡湘水，归罪湘君女神作崇，于是遣发3000囚徒，去砍伐山上的树木以资报复。
秦始皇做了皇帝之后，他为了能永居帝位，幻想成神成仙。最初他想皇帝的宝座由他一家独坐，要“传之万世”。但传之万世还不如他自己坐万世更惬意，于是他便迷信成仙，妄想长生不死，于是就千方百计地寻求仙丹妙药。他听信了当时著名的方士，徐福、卢生、韩终、石生、侯公等人的欺骗，多次入海求仙，寻找长生不老的仙药。秦始皇后来率领百官群臣到泰山封禅，五次大规模的出巡，前呼后拥，浩浩荡荡，劳民伤财，虽有向天下人炫耀自己文治武功的目的，但到东海寻求长生不死药也是一个非常重要的原因。为了找到神仙，求得仙药，秦始皇的出巡总是到海边去，因为他听说神仙总是在海边出现。到碣石（现在的河北昌黎）一次，到成山（现在山东成山角）两次，到琅邪和之罘三次，就是因为这些地方传说是神仙常来登陆的地点。每到一个地方，秦始皇都要派很多的方士去求仙找药，著名的徐福东渡日本就是秦始皇所派，为秦始皇去求采“长生不死”之药的。
为了兴建阿房宫和骊山墓，秦始皇从全国各地共征发了七十多万民工，耗费了无数的钱财物资，因而遭到了全国人民的反对。到公元前211年，在东郡(今河南濮阳一带)就发生了一起咒骂秦始皇的严重事件。那一年，有颗陨石落到了东郡，有人因为痛恨秦始皇，就在上面偷偷地刻了七个字：“始皇帝死而地分”。这件事传到京城，可把秦始皇气坏了。他马上派御史大夫到东郡去，追查是谁在陨石上刻的字。御史大夫在那里追查了许多天，始终没有查到一点儿线索。秦始皇非常生气，索性下令把陨石附近的老百姓全都抓起来杀了。
秦始皇本来就迷信，自从发生了这件事，就更加疑神疑鬼，整天是坐卧不安。后来，他找来卜筮令，给自己算了一卦，卜筮令对他说：“陛下今年犯了点儿灾星，不太吉利，只有搬家或者到外边去巡游，才能消灾免祸。”秦始皇听了卜筮令的话，就决定到东方去巡游。秦始皇大规模的巡游一共有五次，这也是最后一次。
公元前120年，秦始皇率领大队人马外出巡游。他从都城咸阳出发，直奔南方的云梦（现在的洪湖和洞庭湖地区），并到九嶷山祭祀了祖先舜。接着，乘船东进，在丹阳（现在安徽当涂）上岸，到了钱塘（现在浙江杭州），又向西渡江登会稽山，祭祀了治水的大禹，然后刻石于会稽山。下山后，从吴中（现在江苏吴县）北上，继续他的求仙之旅。为了能见到神仙，秦始皇一直是沿着海边北上，但总是一无所获，最后，失望的秦始皇只得往回返，没想到到达平原津（现在山东平原县）时，由于旅途劳顿、身体疲惫加上高温等因素，使得秦始皇一病不起，随行的赵高、李斯和胡亥等人知道秦始皇时日不多，但因为秦始皇忌讳说“死”字，所以没有人敢向他问身后的国事如何安排。随着病情越来越重，秦始皇也知道自己已日薄西山，活不了多久。他这时想到了死后的皇位继承问题，便想到了老成持重富有政治头脑的长子扶苏，想让扶苏继位，可是此时扶苏因提出反对秦始皇的焚书坑儒政策，而被派往北方监军，于是秦始皇让随侍的中车府令赵高赐公子扶苏书信，叫他速回咸阳，守候丧葬，准备即位。书信好后，赵高却迟迟不出发，藏在手中。当出行的车队到沙丘（今河北平乡）时，秦始皇就断了最后一口气。秦始皇死时仅五十岁，他在秦王位共二十五年，称皇帝十二年，总共三十七年。
为了防止秦始皇的儿子们争夺皇位而导致天下大乱，丞相李斯封锁了消息，将秦始皇的尸首放在车里继续向咸阳赶路，但热天中尸体开始腐烂，散发出臭气，为了掩盖，李斯让每辆车上都装了一石鲍鱼，用鱼臭掩盖尸体的腐臭。
赵高是个宦官，他的父母都是秦国的罪人，据说是秦统一战争中灭赵时的俘虏。赵父受秦宫刑，母亲是官奴婢。赵母在秦宫中生下赵高兄弟几人，都是生而为奴。后来秦始皇听说赵高身强力壮，懂点“狱法”，提拔他作了中车府令，是专管宫廷乘舆车与印信、墨书的宦官头儿，秦始皇还命令赵高教自己的小儿子胡亥学习法律。赵高始终以坐上皇帝的宝座为目的，可是无奈他无法左右活着时的秦始皇。现在秦始皇死了，对他来说无疑是天赐良机，于是他决定假传遗诏，一步一步实施他篡权夺位的计谋。为了拉拢李斯，他竟借扶苏不喜欢李斯的事实来蛊惑李斯和他一起篡改了诏书，让胡亥继承了皇位。同时，还以秦始皇的名义指责扶苏为子不孝，让他自杀，不得违抗。在得到扶苏自杀的消息以后，胡亥、赵高、李斯这才命令车队日夜兼程，迅速返回咸阳。
秦二世即位后，残暴的统治不在其父亲之下，仅仅三年，不但秦二世被赵高所杀，秦的江山也在风雨中分崩离析，秦始皇想传到千代万代的王朝仅到二世便结束了。