1938年3月，日伪军300余人突袭宝清县小孤山附近东北抗联第五军密营，李海峰连长等12人壮烈牺牲；同年6月，第一军第一师师长程斌叛变后，尽其所知，供出了第一军在各地的密营，日伪军将其全部捣毁，抗联第一军损失惨重。
杨靖宇和魏拯民于1939年10月召开南满省委和抗联一路军领导干部会议，决定将队伍编成小部队分散活动，以冲破敌人的“围剿”。
杨靖宇领导的东北抗日联军第一路军是最让日军头疼的队伍，被他们称为“东边道社会治安之癌”，而抗联活动地区也被称为“癌肿地带”。因此，杨靖宇的部队遭到敌人的猛烈进攻。1940年2月15日激战之后，杨靖宇身边仅有6名战士。当晚，他命警卫员带3名负伤战士摆脱敌人，寻找总部，自己带两名战士继续战斗。不久，身边最后两名战士在下山买粮时遇敌牺牲，只剩杨靖宇孤身一人。
2月22日，杨靖宇已经5天没有吃饭，又得了重感冒，他发现了一个窝棚，便躲进去避寒。转天，村民赵廷喜等4人砍柴时发现了他。杨靖宇给村民讲抗日救国的道理，并给赵廷喜一些钱，让他下山帮着买些粮食和衣服。但是赵廷喜回村后向特务告密，日伪讨伐队接到特务报告后，立刻进山围剿杨靖宇。2月23日，杨靖宇隐藏在一棵大松树后面抵抗敌军，双手开枪射击，但最终不幸中弹牺牲，时年35岁。日军割下他的头颅，解剖他的尸体，发现他腹内没有一粒粮食，全是草根、树皮和棉絮。
日军的残酷“讨伐”，使抗联的主力部队急剧萎缩，赵一曼、赵尚志、杨靖宇、汪雅臣先后在这段时间牺牲。1940年前后，部队人员已经减少到不足1000人。由于没有安定的休整场所，尤其是在寒冬，在缺吃少穿的条件下，抗日斗争难以为继。与此同时，1934年以后，中共满洲省委与苏区中央失去联系，抗联孤军奋战。为保证伤病员得到治疗，部队得以休整保存实力，以及期待与中共中央恢复联系，东北抗联在无奈之下转向苏联境内。
撤入苏境的抗联队伍开始接受现代化和正规化的军事训练，对抗联而言是一次很好的学习机会。整训期间，抗联制订了严格的军事训练计划，经过一段时间的刻苦训练，队伍的军事素养、野外战争技能、现代化作战能力和政治思想水平等均得到明显提升。
1942年8月1日，东北抗日联军在苏联正式组成东北抗日联军教导旅（即苏联远东方面军步兵第88旅），周保中任旅长。1945年8月8日，苏联正式对日宣战，并派出远东军进入东北战场。日本投降后，东北抗联部队于同年9月全部返回东北。
（参考资料：《东北抗日联军斗争史》，孙风云著，黑龙江人民出版社）