秦始皇在统一天下之后，志满意骄，凶暴残忍，酷法严刑。无休无止地征调赋税和夫役，修长城、建宫殿、筑陵寝、开边戍守使刚刚脱离战乱之苦的广大农民，又陷于疲于奔命的劳役之中。
秦始皇很喜欢六国华丽的宫殿，所以，每当灭掉一个国家，他都要让人将宫殿的图画下来，然后在咸阳照样仿造。秦始皇修建了很多的宫殿，单单咸阳的周围就建有二百七十多座，行宫在关外有四百多座，关内三百多座。在这些宫殿中，最大最有名的还是阿房宫。因为在秦末已经被项羽烧毁，所以其规模究竟有多大，现在无法估计，但根据历史记载，光阿房宫前殿的东西就宽达五百步，大约相当于七百米。南北有五十丈，相当于一百一十五米。殿的门用磁石砌成，主要是用来防止人带兵器行刺。在殿门前排列着十二个铜人，即用没收民间兵器熔铸而成的那十二个铜人。但在秦始皇死在出巡的路上时，阿房宫还没有建成，这个巨大的工程，每年都要调用民工七十万人。
另一个宏大的工程是修建秦始皇自己的骊山墓，每年也用工七十多万人。加上其他的用工，如修建长城，修弛道，常年的兵役征发，致使秦朝每年服役的人达三万之多，男子征发不足使用，有时还要征发女子。
为了聚集财富以供自己大兴土木，秦始皇就制定了多如牛毛的苛捐杂税，本来按照传统，人们都主张和长辈同住，以便尽孝，而秦始皇则要成家的男子和父母分居，这样国家可以按照户数多收赋税。
秦始皇的暴政导致民怨沸腾，为了防止老百姓对自己的反叛，秦始皇制定了严酷的法律，秦法仅死刑就分为戮、腰斩、车裂、坑（活埋）、 凿颠（凿破头脑）、抽胁、枭首，并推行连坐法和族诛，这些严重刑法的实施，就是为了镇压人民的反抗。严酷的法律，使人民生活在水深火热之中，老百姓动不动就触犯了法律，处罚当然就相当严厉，常将人的脚砍断，造成大量的残废人。原来百姓渴望统一，结束无休止的战争，是想从此过上安宁的日子，现在秦的暴政让他们失望至极，秦的民心丧失是它迅速灭亡的主要原因。
秦始皇是中国历史上以残暴著称的封建统治者。焚书坑儒是他最骇人听闻、震烁古今的暴行之一，数千年来受到千夫所指，众口所矢，几乎妇孺皆知，被称作知识文化和知识分子在中国遭受的首次大规模的浩劫。
秦始皇由于实行严酷法律，引起了士人的不满，纷纷指责秦始皇。丞相李斯主张严厉镇压这些胆大妄为的士人，他给秦始皇写了一封奏疏，要求进行焚书。即除了《秦记》之外的所有史书一律烧毁，全国百姓和士人私自收藏的经书及诸子百家的典籍，也全部由官府统一烧毁。敢再违抗命令，议论政事的人一律处死。如果官吏知情隐瞒不报，也和藏书的人同等治罪。除了少数史书之外，其他的最后只留下了关于农业、卜筮和医药的书籍。 秦始皇同意了李斯的意见，下令全国进行焚书，这是对中国文化的一次清洗，和法律一样是秦朝暴政的集中体现。
在秦统一之前，秦王政对人才的意见可以说是相当重视。但这些是他为了实现其至高无上的统一目标而暂时将其暴戾的一面掩藏。现在统一大业已经实现了，他暴戾的性格便不再掩藏，也没必要掩藏了。因此有人敢批评他，挑战他的权威，秦始皇便不能容忍了。当时很多人对秦始皇的暴政怨愤异常，对他不利的言论遍布天下。这使秦始皇勃然大怒，派出御史到全国各地追查，最后抓到四百六十多人，秦始皇下令一块押到骊山的山谷中，全部坑杀，也就是活埋。因为这些人绝大部分是儒生，所以被后人称为“坑儒”。他还将不少人流放，长子扶苏劝阻他，也被他外放到边疆。