警方抓捕的难民被送进马其顿加齐巴巴（Gazi Baba）地区的难民营，没有申请难民身份的程序，在几个月的关押后，他们将以非法入境的罪名受到起诉和审判。“当我们被送到加齐巴巴难民营时，那里已经有400多名难民了。人们就睡在楼梯上，地上和走廊里到处都摆着床垫，早已超员了。”一名叙利亚难民回忆道，他一度曾通过绝食抗议，警察对他说：“如果你死在这，没人会关心你是怎么死的，我们会把你的尸体扔出去。”
难民们在马其顿和塞尔维亚申请避难身份非常艰难。2014年，仅有10名申请庇护者在马其顿获得了难民身份，而在塞尔维亚，仅有1名获得资格。漫长繁冗的避难申请程序使得很多人继续向北走，希望进入匈牙利。作为“申根国”，匈牙利执行着欧盟统一的难民移民政策。“一日为难民，终身为难民。”在经历长途跋涉之后，难民们发现匈牙利政府还是将他们以非法入境的罪名关押起来。同样，匈牙利的难民申请审查非常严格，2014年，仅有240人在匈牙利获得了难民身份，与申请总数相比少之又少。
大部分难民在离开难民营后，被遣返回塞尔维亚或马其顿。难民们渴望进入欧盟，然而合法避难渠道少之又少，难民们被困在了马其顿和塞尔维亚。巴尔干之路上的难民越来越多，他们没有合法身份，也不受相应政策的保护。“大量难民在这一地区的出现，是因为塞尔维亚和马其顿两国没有完善的难民、移民处理措施，同样也是由于欧盟难民政策的失败。”大赦国际欧亚部主任古利克（Gauri van Gulik）如是说。
1997年生效的欧盟《都柏林协议》规定了难民只能向他所进入的第一个欧盟国家提出难民申请，如果在其他欧盟国家发现非法入境的难民，这些难民将被遣送回他入境欧盟的第一个国家。随着近几年难民潮越来越严重，这一规定让意大利、希腊这样的欧盟“前线国”承受着极大压力。欧盟并没有改进自身的难民政策，而是期望通过强化边境管理来解决问题，显然这是本末倒置。
巴尔干之路上压力最大的国家便是欧盟边境国匈牙利。联合国难民署表示，自2015年1月以来，已经有大约14万难民入境匈牙利，仅2015年8月份就有5万难民涌入匈牙利，这一数字现在仍以每天2000人左右的速度上升。匈牙利政府早就在与塞尔维亚的边境上立起了铁丝网。9月初，由于匈牙利阻止难民继续旅程，曾有上千人在布达佩斯国际火车站与警方对峙。
有的难民原计划在匈牙利乘坐火车前往奥地利和德国，无奈受阻之后，他们干脆沿着高速公路徒步西行。由于大批叙利亚等国难民滞留匈牙利，近日德国总理默克尔和奥地利总理法伊曼临时磋商决定允许这些难民入境。匈牙利也在压力下，开放与奥地利边界，并派巴士将难民送至那里。匈牙利总理维克多·奥尔班表示：“没有多少难民愿意留在匈牙利、斯洛伐克、爱沙尼亚和波兰，所有人都想去德国。我们的任务就是给他们登记，然后送他们去边境。”
德奥开放边境的第一天，9月5日，共有1万名移民抵达奥地利，这些移民可以在奥地利申请庇护，或者继续前往德国，但是当天奥地利政府表示只有大约20人愿意在奥地利申请避难。德国政府发言人强调，这次放行只是为缓解匈牙利压力的一次性措施，不能成为长期先例。德匈两国会遵守要求难民在首个入境国申请庇护的欧盟规定，这就意味着，难民申请庇护的任务依然在欧盟边境国匈牙利身上。
匈牙利总理维克多·奥尔班就曾公开质疑这些难民的目的，认为大部分前往德国的移民都是想去追求更好的生活条件，而非出于逃难的目的。难民问题愈演愈烈，联合国难民署官方网站首页，在为难民捐款广告旁边，是一篇专门介绍“难民”和“移民”定义区别的文章。