流寇是中国南部与东南亚贸易最大的敌人。他们被称为海盗，是华南沿海和东南亚海域上时常出没的危险人物。法国历史学家谢和耐认为，海盗在整个历史上都以不间断的方式肆虐逞凶，而且东亚的所有海洋民族都曾参与过海盗行动：越南人，马来人，苏门答腊人，爪哇人，沿海地区的中国人……即使到14世纪末至16世纪初，日本人形成了海盗行为的最大队伍，其实也是一支综合了东亚各沿海民族的多国部队，“其活动极其多样化，以至于大家只好以海盗这样一个笼统的名字来称呼”。海盗行为的普遍性，或许说明，海盗的身份并不仅仅是这么简单，他们并非单纯的打家劫舍，而是具有一种贸易和暴力的混合特征。
东南亚海域的海盗在16世纪时取得了史无前例的发展高潮。谢和耐归结原因：“与整个东亚海面的贸易时代非常明显的发展有联系。”14至16世纪时，通过这片海域的贸易活动达到一个高潮，中国在海上贸易最活跃的时代却采取了一种孤立政策，明王朝在海上贸易最活跃的时代却提出了一种既缺少连贯性又缺少坚定性的限制政策。当时，与日本的官方交往只能通过浙江东北段的宁波港来进行，福州则被专门用于跟菲律宾交易，在永乐时代，泉州承担了类似的角色。第三大港口广州则在“市舶司”的管控下，担负着与印度支那和印度尼西亚发展贸易关系的使命。但官方的限制条例与贸易的现实之间存在着相当大的差异。在16世纪的东亚海面上，活跃着黄金、白银、铜钱和丝绸的交易，很大一部分私人贸易以秘密的方式，沿着漫长的海岸进行。比如在厦门附近就有一个非常活跃的港口海澄，既与日本和琉球，又与东南亚的满刺加和摩鹿加经商。明朝政府花了不少力气来遏制海岸线上的秘密交易，但实际上，官方没有那么多的兵力可以巡视2000～3000公里的海岸。贸易现实与政府控制之间的差异，催生了一些既是私商，又是海盗的人物。
16世纪中叶的海盗首领是一名叫王植的安徽籍汉人，他既是大商人，又是海盗。王植与吕宋、越南、暹罗、满刺加做生意，同时也从事用于制造炸药的硫磺以及丝绸和织锦的走私。海盗的行径基本上是他作为大商人正常贸易时，遭遇到官方限制阻力时的补充。他在历史上留下了“净海王”名号。但谢和耐在研究中发现，海盗的队伍中更多的是那些更为普通的小人物，希望在海域凿空中掘金的小人物：小规模的走私商人、中国或外国血统的远海航船船长、穿梭往来于海岸与东南海域荒凉岛屿之间的船民，广袤海域中的荒凉岛屿成为他们暴力贸易的中转站、仓库或者巢穴……
到17世纪中期，在东南亚海域又出现了一位至今为历史学家所争议的人物——郑成功。在成功收复台湾前，谢和耐认为他的活动就延续了16世纪时海盗的特点，“始终具有海盗和贸易的一种混合特征”，但同时又与政治有明显的牵连。他的队伍驻扎在闽南厦门一带，有时会抢劫该省沿海的富裕地区，并推进到浙江南部和广东东北部，同时也与日本、越南、暹罗、菲律宾等国家从事贸易交流，并与经常往来于东南亚海域的欧洲人保持接触。彼时，南明王朝也在东南沿海和广东一带活动，与当地的海盗们维持着程度不同的秘密联系。郑成功站在南明王朝一边，帮助其抵抗清政府，以扩大自己的影响力。他与南明王朝的良好关系，使他赢得了享有皇家姓氏（朱氏）的显赫权力，被称为“国姓爷”。
明朝中叶，活跃在中国南部沿海、东南亚海域的海盗与现代海盗有所不同，他们具有暴力的特征，但其中的一些主要力量也代表着东西方的海路打通并逐渐成熟后，民间商业的新兴力量。大连海事大学教授、中国航海学会航海史研究专业委员会秘书长孙光圻说：“和西方统治者依靠海盗的力量来扩展海外殖民地不同，中国历代封疆统治者对中国海盗的态度，不是招安、圈禁，就是‘虽远必诛’的无情绞杀。‘七海霸主’陈祖义、‘净海王’王植、郑成功的父亲郑芝龙，叱咤风云的海盗到了统治者手中，大多未得善终。而当他们流亡海外，期望在东南亚等地落地生根时，还会遭到西方殖民者和各种势力的迫害。如果明、清两代，能够真正地利用中国海盗的力量，可能今天的南海问题就大有不同了。”
移民和工业
18世纪，中国迎来了一次“工业化”的大手工业和史无前例的贸易发展。它以其生产以及内部交易的巨大数额，身居世界诸民族的首位。18世纪的经济发展看起来是一次复兴，是继过去一个世纪的内乱、战乱和万历时代的发展以后，中国经济又再度兴旺发达起来，而且其规模和广度都超越了以往。江南的纺织，长江下游的茶叶，江西和湖南的瓷器，福建制造的纸张和蔗糖，还有广州新会的麻布，都保持着相当高的生产和出口纪录。