麻烦的是这并不是一个持续井井有条运行着的世界。艾丽来到有新学校的第一天，就因为情绪失控在新同学面前出丑，混乱中乐乐和忧忧更被抛出大脑控制中心，流落在艾丽的茫茫脑海。只留下怕怕、怒怒和厌厌的情绪控制中心更加混乱，艾丽再也不能像从前那样体会到伙伴和家人的温馨，混乱不断爆发在艾丽的情绪里。影片的执行制片人约翰·拉塞特笑着解释：“想想吧，一个11岁的小女孩，没有了快乐和悲伤，只剩下愤怒、恐惧和厌恶在操控她的生活，这还像个11岁的孩子吗？”
想想我们却都是曾经历这一切而长大的，但皮克斯从来都坚信调查和实证。《头脑特工队》这个主意本身经历了3年的调研和5年的制作周期，背后是大量的神经学功课，导演制片人和科学家们合作研究了人类情感形成发展方式，及其在青春期阶段的特殊变化。他们采访了一流的心理学家精神、情感专家，故事几乎是照搬典型的青春期精神症候而来，让乐乐和忧忧暂时离场是有意为之，正如联合导演罗尼·德尔·卡门所说：“这是与青春期一致的，艾丽不再感到高兴，也不会表达同情，这在很多与她同龄的孩子身上都会发生，甚至我们都能记起自己那时对这个世界的厌恶之情。”
而令精神、神经学专家拍手叫好的反而不是那些仅仅依据科学而来的细枝末节，更重要的是他们把那些枯燥乏味甚至是抽象难懂的科学，电影化地呈现在银幕上，甚至邀你我共同完成了一次惊险刺激的心灵冒险。《头脑特工队》里，每个情绪小人都有自己独特的价值，怕怕负责安全，怒怒保证公平，厌厌使莱莉在身体和社交中都免遭毒手，忧忧并不清楚她应该扮演什么角色，她融入莱莉生活的努力也没有被乐乐认同，随着故事的展开，忧忧的戏份被不断增强，她陪伴艾丽度过了低沉的时光，甚至为回到控制中心，乐乐和忧忧必须要同心协力，这段意味深远的回家之路恰揭示了那些通常被我们忽略的事实——有的时候，你的忧伤也不无益处。
况且，那是怎样充满曲折艰辛疲惫不堪的旅程。为在艾丽完全崩溃之前挽救她的生活以及家庭。乐乐和忧忧穿越艾丽头脑中那些蛮荒偏僻角落，幻想之城、造梦工厂和记忆城堡，重重的险境，不断的舍弃，来不及好好告别，一次再一次的拼搏和努力，就像是Bing Bong的离场，皮克斯抽丝剥茧般把成长的每一丝伤和痛展示给我们，更重要的是，我们远比自己想的更像个英雄。道格特导演的眼里，好的动画片不该是那种让大家笑得前仰后合之后就可以忘记的娱乐，他希望能把那些有分量的感情留在观众心里，不管是童稚的孩子，还是成熟的大人。“童年的逝去对孩子来说却是苦乐参半，甚至令他们感到忧伤。这才是这部影片的关键。感情的深奥和复杂才真正将人们紧密地联系在一起，即便成年之后，我们也不断被那些童年时没有解决好的问题纠缠，我们应该回头，拥抱那个曾经那么努力的自己。”
乐乐和忧忧的回家路，绝不仅仅打动小朋友而已。《头脑特工队》显然为成人世界留下了足够多的乐趣，比如乐乐和Bing Bong穿越艾丽的抽象思维领域时，他们从三维的卡通形象瞬间变成了二维平面存在，甚至最终成了一些七零八落的线条，眼前的一切就像米罗（Joan Miró）画作上的涂鸦。皮克斯将思维活动描述成旅行，于是这场探险，就像是从达利的梦境一直延伸到希区柯克《爱德华大夫》。《纽约客》影评人安托尼·雷恩（Anthony Lane）形容：“我能感到那些充满成年人智慧而改写的一个又一个的瞬间，理论化的、文学化的，有些疯狂的但又足耐咀嚼，它们有关类智识与文明的发生和延展，远远大于一个小姑娘的故事。”
制片人乔纳斯·里维拉这样解释皮克斯的神奇故事和想象力：“就像是华特·迪士尼先生90年前的工作方式一样，我曾经看过迪士尼先生的纪录片，做《木偶奇遇记》这部电影的时候，他会在办公室里走来走去，然后拉到一个人，就要跟人家讲一遍《木偶奇遇记》的故事，然后看人们对这个故事的每一个细节是怎样的反应。据此他再把这个故事重新修改，把它做得更好，一遍又一遍。我们现在还是这样讲故事的，只不过可能我们不是和别人说这个故事，而是写下来，做出来，甚至放映出来给大家看，但是这个过程，和别人沟通并不断修改自己的故事是一样的。我们知道故事永远会更好、更丰富，所以故事从来不会写完，只不过是我们的时间用完了。”