白崇禧彻底惨败后，李宗仁到美国治“病”去了。桂系实力已输得精光，何去何从？此时，摆在白崇禧面前的只有两条路：一是像李宗仁那样，移居海外；一是跟随蒋介石逃往台湾。至于选择哪条路，白崇禧犹豫不决，一时还拿不定主意。当程思远问白崇禧与解放军对抗下去，有何把握时，白氏即坦率回答说：“有什么把握，这不过是要对历史有一个交代罢了！”而在此时，蒋介石也来信邀请白到台湾，并允诺去台后“自有重用”，还派专人送金砖到海口，说是发清白崇禧华中部队的军费，以示恩惠。白是不敢贸然去台湾的。如果说在此之前蒋介石对他有所忌惮的话，那是因为他手中还掌握了几十万的军队，如今他只是个“光杆司令”。这点白是再清楚不过了。但是白不知道蒋“邀请”的用意，猜测可能是想让他劝说李宗仁，使得蒋介石重新复职。白崇禧派李品仙先行赴台，名为办理华中军政长官公署和桂林绥靖公署结束事宜，实际是赴台打听政治行情。李品仙赴台后，即致电白崇禧，称蒋介石、陈诚都希望白去台湾，共荷“戡乱救国”之责，这就坚定了白崇禧赴台的信心。1949年12月30日，白在蒋介石函电的催促下，终于从海口飞往台湾。白崇禧的至交、立法委员何遂曾向白氏进言：“上将回台，将必难免一死，应乘机起义，响应共军。”白氏回答：“我自追随蒋公北伐以来，殆逾二十载，既处遇顺境，亦处遇逆境，一生一世历史第一，我必对历史有所交代，生死利害，在所不计，君勿为此喋喋也。”白崇禧赴台是一项轻率的决定，他在过去的二十二年中多次与蒋介石斗争，蒋必欲置之死地而后快。之所以没有立刻对他下手，是因为白还有牵制李宗仁的作用。但白崇禧这一进入台湾后，就再也不能离开台湾了。
白崇禧到台湾不久，又将家眷20多人从香港接到了台湾，在台南盖了两栋房子，安置大哥、九哥、六弟、二妹等亲属，他自己一家则住在台北松江路127号一幢旧式平房中。有些朋友感到难以理解，就问白：你怎么全家都搬来了？某人到美国去，某人到日本去，某人到泰国去，某人在香港，某人出境证都预备好了，你还搬到这里来？白却回答说：“我们大陆丢了，我们是现役军人，负很大罪过，中央不处罚我，自己良心自责。台湾是复兴基地，祖国领土就只剩这一点点，希望在这生根发展回去，除此之外，现役军人死无葬身之处，跑到哪里去？”不过，话虽这么说，白崇禧心中也是茫然得很。有一天，白崇禧与何应钦一同去打猎，途中谈起时局，两人都认为希望渺茫，感到很绝望。白崇禧说：“我是信仰宗教的人，对世界局势，人类的前途，真主会有一个安排，我们打猎吧！”孤悬海外，如波涛中扁舟一叶，白崇禧也只有把希望寄托在真主身上了。
此时的白崇禧还对蒋介石“反攻复国”的幻想存有一线奢望，他自负地认为，蒋介石还要靠他统兵杀回大陆。蒋介石自12月10日离开大陆退往台湾后，即紧锣密鼓地为复任“总统”做准备。他一方面发动国民党中央非常委员会、“监察院”等党政机关向李宗仁施加压力，同时派吴忠信找到白崇禧，要其写信规劝李宗仁。于是白崇禧又与吴忠信联名发了个电报给李宗仁，说明海内外要求“总统”复职，实在有此需要，希望李宗仁答应以“副总统兼特使”名义在美国养病，争取美援，内外相维系，共维国势。1950年1月16日，白又与李品仙等联名给李宗仁发了电报，提出建议，称如须继续在美休养，深恐久旷国务，应请致电中央，自动解除“代总统”职务。李宗仁的态度是既不返台，也不辞职，白崇禧将此电转给蒋介石。3月1日，蒋介石以“国民之公意”为辞，宣布“复行视事，继续行使‘总统’职权”。在蒋介石复职前，白崇禧特致电李宗仁，“望保持缄默，勿表反对”。但李宗仁置之不理，在蒋介石宣布复职的当天下午，即在纽约召开记者招待会，抨击蒋介石的“复职”为“违宪”。为此，白崇禧又奉蒋之命写了一封信给李宗仁，责备其不该唱反调。
李宗仁在美国，蒋介石鞭长莫及，不能治他的罪，白崇禧就不能放过。当年白崇禧几次乘危逼宫，这对蒋来说，是非常难堪的事，蒋对此忌恨不已，但他并没有立即公开处治，而是将白列为头号政治敏感人物，并给其取了个“老妹子”的代号，保密局在白崇禧公馆对面设了个派出所，对白崇禧的一举一动进行严密的监视。敏感的白崇禧马上就知道是怎么回事，于是减少外出活动和与朋友的交往，连打猎下棋的爱好也自动收束。有一次，白的轿车开出去后，即发现后面跟着一辆吉普车，走了不多久，那辆吉普车抛了锚，白崇禧知道那是一辆盯梢的车，连忙命自己的司机停车，并派侍从人员去告诉那辆车上的人不要着急，慢慢修车，白崇禧自觉停车等他们。奉命监视的特工人员没料到被白崇禧看出了行藏，显得相当尴尬。还有一次，白崇禧跟一班朋友在一家咖啡店喝咖啡，临走时白将另外两桌客人的账也付了。白的朋友对此莫名其妙。白连忙解释说：我看出他们是监视我的人，这个客我应该请。后来这件事传闻开来，那些不速之客承认，那么多桌人中，确实只有这两桌人是有任务的，白崇禧能一眼看穿，不多不少，真不愧是小诸葛。
蒋介石虽然没有公开处罚白崇禧，却由湖北籍“国大代表”敲山震虎，在“设计委员会”会议上对白崇禧提出弹劾案，主要有两点：（1）军费方面，吞没中行黄金7万多两；吞没汉口中央银行库存370多万两白银。（2）军事责任方面，拥兵不救援徐州，不遵从统帅调兵命令，拥兵自卫。弹劾案要求“追究责任，以明是非，振纪纲而知复兴”。对此弹劾，白崇禧非常恐惧。不过，蒋介石暂时还不想借此清算他，陈诚也为白崇禧开脱。
1954年“国民大会”一届二次会议上，旧案重提，并有40多名“国大代表”联名。白崇禧不得不再次以书面答复。最后，“国大”会议决定将此案保留，一场弹劾案才不了了之。
不久，曾任国民党中央宣传部副部长的潘公展在香港《新闻天地》刊登文章，提及当年白崇禧逼宫事。1959年蒋经国在台湾出版《危急存亡之秋》一书，将白崇禧逼宫案原原本本地披露了出来。这样一来，白崇禧再想辩护也不行了。逼宫案成了白崇禧晚年的最大心病，成了一个挥之不去的梦魇。想站出来辩护，真是百口莫辩，不出来辩护则又等于默认。白崇禧时刻担心蒋介石一怒之下，清算旧账，拿他开刀。
1952年10月，蒋介石在台湾召开国民党第七次全国代表大会，宣布国民党改造结束，组建中央委员会，同时设立“中央评议委员会”以安置“党国元老”，白崇禧并未能在这两个机构中占一席之地。当然，白崇禧也并不完全是平头百姓，他在台湾还挂着“总统府战略顾问委员会”副主任委员、“国大代表”、“中国回教协会理事长”的头衔，从事一些无关紧要的礼仪性活动。罢免“副总统”李宗仁的职务，就由他主持国民大会“处理”。
白崇禧在台湾真正属意的一项职务是“中国回教协会理事长”。中国回教协会1938年成立于武昌，由白崇禧担任会长，次年改称理事长。以后这一职务一直由白担任。1955年约旦国王侯赛因访问台北，邀请白崇禧以“中国回教协会理事长”名义访问中东，蒋介石恐其一去不复返，不予批准，并授意回教协会改选理事长，白崇禧不得不将担任了二十余年的“中国回教协会理事长”一职辞去。不过他在台北主持修建清真寺，在回教事业上还是做了些工作的。
白崇禧在台湾生活十七年，除了偶尔参加一些礼仪性活动，很少有事可做。平时在家读书写字，据说白崇禧的书法造诣颇深，但不轻易示人。此外，他还有两大爱好，即下围棋和打猎，借以打发时光，舒解寂寞。
白崇禧晚年的最后一项工作，就是口述自己的回忆录。从1963年2月开始，台北“中央研究院”近代史研究所先后派出科研人员贾廷诗、马天纲、陈三井、陈存恭等人，访问白崇禧128次，时间持续了近四年，直至1966年11月24日白氏逝世前8天止。贾廷诗等人将白氏口述整理成初稿后，由近代史所所长郭廷以校阅，前71次的访问记录稿并送本人订正，以后部分因白氏突然去世，未经审阅。1980年至1985年，香港《中报》月刊征得白氏家属同意，在该杂志上连载白崇禧回忆录。1984年5月，台北“中央研究院”近代史所将白氏口述回忆录以《白崇禧先生访问记录》为书名，分上下两册公开出版。