这种“大跃进”式的论调，最终被证明仅是幻象。在公布所谓初步坐标之后，筹备办公室的工作便再也不见进展。而在丹东、大连、北京等地却出现了打着该项目旗号的募捐者，以“一人捐出一块钱，让致远舰重见天日”为名进行筹款。到了1999年，参与前期水下勘探工作的江苏澄西海洋特种工程有限公司更是将国家文物局、东港市政府和中国艺术研究院告上法庭，追讨尚未结清的工程款和借款243.4万元。一片哗然声中，国家文物局决定撤销筹备办公室，这场声势浩大、影响波及全国的“致远舰打捞秀”，最终在一地鸡毛中收场。
1997年的这场闹剧给甲午沉舰的寻觅之路带来了难以估量的负面影响。此后十几年间，一切打着“寻找致远舰”旗号的活动都被视为骗子的同义词，遭到广泛的质疑和责难，以至于有关部门闻“致”色变。而筹备办公室公布的那套新坐标，与此前日方的两种记录又有不同，令沉舰残骸的确切位置变得更加扑朔迷离。在工程下马前最后一年多里，筹备方为了解释多方集资却不见军舰出水的原因，糅合了东港等地流传的民间故事，大张旗鼓地宣传致远舰残骸在20世纪30年代日本军队的探捞活动中严重受损，上层建筑和部分舰体已被日军捞起拆卸，留在水下的部分基本丧失了文物价值，不值得打捞。如此一来，寻找致远舰的努力基本被宣告了死刑。
2000年之后，民间对北洋海军的兴趣逐步转移到昔日的铁甲巨舰“定远号”上。该舰在1895年威海卫之战后自行炸沉于刘公岛东侧，上层建筑和零部件被日军拆卸，舰体则被再次爆破、沉入浅滩之中。一家香港杂志曾对打捞“定远号”舰体的可能性进行了调查，但因成本过高而作罢。这项尝试引起了威海港务局的注意，2003年，他们决定按1∶1的比例原样复制“定远号”，作为博物馆舰在当地展出，并找到了1978年出生的陈悦作为顾问。
作为国内第一家以北洋舰队为主题的专业网站“北洋水师”（www.beiyang.org）的创办者，陈悦的研究兴趣不同于传统的科班学者。制度、人事等宏大主题在他的研究中仅占据较小的篇幅，更多的注意力则被集中到了舰船、炮械、服装等海军史研究的本来细节之上。通过研读英德等国海军研究者的著作、造舰原厂保存的技术资料以及清末历史文献中有关海军的档案，他不仅在2005年顺利完成了“定远号”复制舰的工程指导任务，还组建起了国内首屈一指的海军史研究社团“中国海军史研究会”。来自不同行业、不同专业背景的业余海军史研究者借助这一平台进行广泛的研讨和交流，并通过媒体和出版业公布阶段性成果。这一尝试在增进了国人对北洋海军乃至海洋文化了解的同时，也为重启寻找甲午沉舰之旅夯实了基础。现在，需要的只是一个契机。
宿命般的发现
2013年秋，丹东港集团的一艘工程船在大鹿岛外海进行航道清淤作业时，意外地从水底抽出的淤泥中发现了部分金属构件，推测可能存在沉船。刚刚成立一年的国家文物局水下文化遗产保护中心和中国海军史研究会相继受邀派代表前往当地，召开前期资料分析会。由于发现金属构件的位置与1997年公布的4艘沉舰坐标相差较远，而和日方资料中的记录较为接近，各方共同决定在2014年开春后启动更大规模的调查。当年冬天，丹东港集团利用自行购置的磁力仪等设备进行了初步水下测扫，确认水下约20米深的位置的确有一艘沉船存在。
2014年初春，水下遗产保护中心派出的船只对1997年公布的4个沉舰坐标点进行了一系列排查，最终并未发现存在沉船的迹象。调查的重点遂被集中到了丹东港集团发现的沉船残骸上。这一残骸的坐标与日方1895年记录中的致远舰沉没地接近，但在《二十七八年海战史》中被标注为超勇舰。出于谨慎，水下遗产保护中心将沉舰临时命名为“辽宁丹东01号沉船”，并定为A级文物遗址。当年春天的水下测扫进一步确认，沉舰深陷在6米左右的淤泥之中，表面挂满渔网和海底垃圾，全长约50米，金属体量超过1500吨。